L'Agent Grant Ward le dit dans le pilote d'Agent of Shield, quand Maria Hill lui pose la question. Il dit que le nom a été choisi pour que l'acronyme forme le mot Shield, et que c'est la mission de l'agence, être le bouclier qui protège le monde.
Plusieurs films indique que le terme et l'acronyme Shield est utilisé depuis de nombreuses années avant Iron Man. Rien que les documents du Shield sur la traque de Hulk dans le générique du film Hulk, donc bien des années avant que Stark devienne Iron Man.
L'incohérence est donc uniquement dans Iron Man, mais on peut aussi pensé que Coulson ne voulait pas révéler le vrai nom de l'agence à Pepper, c'était encore censé être Top Secret à ce moment là. Et lui dit en fin de film quand il sait qu'elle est digne de confiance.